Poznatog plaćenika, nadimka Storm, američka je vlada angažirala da izvrši tajnu misiju. Naš će se junak morati probiti kroz rijeku do neprijateljske vojne baze i tamo uništiti nekoliko visokih zapovjednika. Vi u igri Commando Boat pomoći ćete junaku da izvrši ovaj zadatak. Ispred sebe na ekranu vidjet ćete rijeku uz koju će vaš lik juriti svojim brodom, postupno dobivajući brzinu. Na putu njegovog kretanja pojavit će se razne vrste prepreka. Pomoću upravljačkih tipki prisilit ćete brod da manevrira po vodi i tako izbjeći sudare s tim preprekama. Rijekom patroliraju neprijateljski brodovi i čamci. Ako im se približite morat ćete otvoriti vatru da biste ubili. Pucajući precizno, uništit ćete neprijateljske brodove i za to dobiti bodove. Pokušajte sakupljati i zlatnike i druge predmete koji plutaju u vodi. Donijet će vam bodove i moći će vas nagraditi raznim korisnim bonusima.