U igri Atom War otići ćete u svijet u kojem žive najmanje čestice koje nazivamo atomima. Počeo je rat na ovom svijetu i ti ćeš sudjelovati u njemu. Vidjet ćete svoj crveni atom na ekranu ispred sebe. Imat će određenu veličinu i oko nje će biti vidljivo malo polje sile. Oko vašeg atoma, druge će se čestice početi pojavljivati plave boje. Morat ćete ih pažljivo ispitati i pronaći one koji su po veličini manji od vašeg lika. To znači da su te čestice slabije od vašeg atoma. Morat ćete ih potjerati, a zatim napasti. Uništavanjem plavog atoma dobit ćete bodove, a vaš lik će postati veći i jači.
