Hrabri ninja po imenu Kyoto mora se popeti na krov visoke zgrade. Vi u igri Ninja Up pomoći ćete liku u ovoj avanturi. Ispred vas će se na ekranu vidjeti vaš ninja koji stoji na zemlji. Na signal, vaš lik će početi skakati na određenu visinu. Morat ćete povući crtu ispod ninje pomoću miša. Čim ga nacrtate, pojavit će se posebno gumeno uže. Vaš će heroj, pavši na njega, skočiti i poletjeti. Dakle, crtanjem ovih užadi u igri Ninja Up, postupno ćete pomoći heroju da se popne na krov zgrade. U isto vrijeme, usput ćete morati pomoći ninji skupljati predmete koji će visjeti u zraku na raznim mjestima na igralištu. Za njihov odabir u igri Ninja Up dobit ćete bodove.