Svi koji su bili na moru sigurno su vidjeli meduze. To su želatinasta bića koja plivaju u vodenom stupcu, mnoga od njih bolno ubadaju, pa turisti ne vole previše meduze. Ali u igrici Flappy Jelly pomoći ćete jednoj od njih, a to je potpuno bezopasna meduza, pa se mora skrivati od brojnih neprijatelja koje svi imaju u podvodnom svijetu. U međuvremenu, meduza se treba sakriti od oluje koja se približava tom području. Ona se uopće ne želi družiti u valovima pa je odlučila zaplivati dublje, no završila je između ruševina nekog drevnog hrama. Pomozi meduzi da prođe pored mramornih stupova koji strše s vrha i dna Flappy Jellyja.