U drugom dijelu igre Pandemic 2, nastavit ćete svoju misiju uništavanja cijelog čovječanstva kao smrtonosna pandemija. Igra počinje odabirom vrste bolesti: virus, bakterija ili parazit. Zatim ćete odabrati početnu točku za svoju infekciju. Odatle ćete morati širiti svoju bolest na ostatak svijeta. Šireći se svijetom, možete poboljšati svoju bolest i učiniti je tako da ljudi ne pate od nje. Stalno modificirajte svoj virus tako da čovječanstvo ne može smisliti lijek za njega. Tako ćete postupno uništiti cijelu populaciju planeta u igrici Pandemic 2
