Ninje su se pojavile u srednjovjekovnom Japanu i služile su kao špijuni, izviđači i izviđački saboteri. Nosili su tamnu odjeću, pokrivali lica i uglavnom djelovali noću, kretali se nečujno i izvršavali dodijeljene zadatke. Sve su ninje savladale umjetnost ninjutsua. U biti, ninje su vrsta ratnika koji se koriste u specijalnim operacijama, poput japanskih specijalnih snaga. Junaku igre Ninja Speed Runner također je povjerena tajna misija, pa se brzo kreće. Shurikeni lete prema njemu, od kojih on mora izbjeći, a vi ćete mu pomoći u tome, prisiljavajući heroja da skoči ili se sagne u Ninja Speed Runneru.
