Junak igre Counter-Strike: Reboot će uz vašu pomoć morati sudjelovati u dvanaest misija. Budući da se sadržaj drži u strogoj tajnosti, ciljevi će se otkriti kada završite prethodnu misiju. Prvi se zove Alpha i vaš zadatak je odbiti napad terorista koji žele zauzeti vašu bazu. U drugim misijama morat ćete obavljati druge zadatke, kao što su: oslobađanje talaca, uništavanje terorističkih baza, čišćenje mina, i tako dalje. Sve su misije vremenski ograničene, morate brzo i učinkovito riješiti probleme u igri Counter-Strike: Reboot.
