Jednu od kolonija zemljana na dalekom planetu napale su razne vrste svemirskih štetočina. Vi ćete u igri Space Pest Annihilation morati pomoći svom liku da uništi sve štetočine. Ispred sebe na ekranu ćete vidjeti svog lika obučenog u svemirsko odijelo. Bit će u određenom području s oružjem u rukama. Na udaljenosti od njega vidjet ćete crve raznih boja. Morat ćete uperiti svoje oružje u njih i nanišaniti. Uz pomoć posebne ljestvice koja se nalazi s lijeve strane, morat ćete izračunati snagu svog udarca i, kada budete spremni, izvršiti ga. Ako ispravno uzmete u obzir sve parametre, tada će punjenje iz oružja pogoditi crve i uništiti ih. Za to ćete dobiti određeni broj bodova u igri Space Pest Annihilation i prijeći ćete na sljedeću razinu igre.
