Ninja je dugo učio i konačno je došlo vrijeme da iskoristi svoje znanje i vještine u Dark Ninja Hanjo. Sensei je obavijestio svog učenika da je spreman započeti samostalan život, ali je u isto vrijeme od bivšeg učenika zatraženo da izvrši vrlo važnu misiju obnove grada. Misija će pokazati koliko je heroj spreman. Grad je progutala tama; morat ćete se boriti protiv demona ili opsjednutih ratnika. Ninja će moći pokazati za što je sposoban. Primajte upute od učitelja; on će pratiti svog učenika, ali onda trebate djelovati sami u Dark Ninja Hanjo.