Izbio je rat između vaše zemlje i susjedne države. U igri Atari Missile Command zapovijedati ćete obranom vojne baze u kojoj služite. Ispred sebe na ekranu vidjet ćete zgrade svoje baze i raketnog oružja instaliranog posvuda. Neprijatelj je ispalio masu raketa na vašu bazu, a vi ćete se pojaviti na nebu. Morat ćete ih sve oboriti i spriječiti da padnu na teritorij baze. Da biste to učinili, pomoću miša postavit ćete nišan za svoje instalacije uz pomoć plavih križeva. Otvorite vatru kad budete spremni. Ako je vaš pogled precizan, tada ćete srušiti neprijateljske projektile i za to dobiti bodove. Ako ste ih sakupili, nadogradite svoje instalacije i streljivo za njih.