Voda ili bilo koja druga tekućina, slijedeći zakone gravitacije, će se izliti ako nađe izlaz za sebe, čak i malu pukotinu. U Water Flow 3D morate je pustiti da slobodno teče kako biste ispunili četvrtaste posude ispod. Broj posuda će varirati, ali morate imati na umu da u njih možete uliti samo tekućinu odgovarajuće boje. Da biste to učinili, otvorite poklopce ispravnim redoslijedom. Ponekad će se tekućine morati miješati, a staklene pregrade razbijati teškim kuglicama u Water Flow 3D. Postoji mnogo razina i različite su u postavljanju zadataka.
