Igra AtomLinker može biti kratka ili može trajati beskonačno. Sve ovisi o vašoj pažljivosti i spretnosti. Igralište je ispunjeno kvadratićima s nazivima kemijskih elemenata. Povežite ih u lance od tri ili više identičnih. U početku ćete dobiti dvadeset pet sekundi vremena za igru, ali ako možete napraviti lance od četiri ili više elemenata, vrijeme će se dodati. Ne skidajte pogled s polja za igru kako ne biste propustili sljedeći lanac. Nakon uklanjanja elemenata, raspored pločica će se promijeniti u AtomLinkeru.
