U suvremenom svijetu postoji dosta smrtonosnih virusa koji uzrokuju smrt raznim živim bićima. Danas u Kill The Microbes morat ćete se boriti protiv nekih njihovih vrsta. Pred vama na ekranu vidjet ćete nekoliko mikroorganizama koji se nalaze na različitim mjestima na igralištu. Morat ćete odabrati jedan od njih i kliknuti na njega mišem. Na taj način ubrizgate lijek i bakteriju eksplodirate. Njeni komadi koji padaju u druge mikroorganizme uništit će ih i za to ćete dobiti bodove.
